Il Presidente è nominato con decreto del Ministro dell'Ambiente d'intesa con il presidente della Regione.
Il Presidente ha la legale rappresentanza dell'Ente parco ne coordina l'attività, esplica le funzioni che gli sono delegate dai Consiglio direttivo, adotta i provvedimenti urgenti ed indifferibili che sottopone alla ratifica del Consiglio direttivo nella seduta successiva.
Il 1 settembre 2012 viene nominato Presidente il dott. Vittorio Alessandro
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